世民，使其成为孤家寡人。更为危急的是，在东宫担任率更丞的王晊秘密向李世民告密，透露李建成计划在昆明池为李元吉饯行时，伏兵刺杀李世民，然后谎称"暴疾身亡"。
在这千钧一发之际，李世民与心腹房玄龄、长孙无忌等密商，决定先发制人。他先向李渊密奏李建成、李元吉"淫*乱"后宫，并哭诉道："臣于兄弟无丝毫所负，今欲杀臣，似为（王）世充、（窦）建德报仇。臣今枉死，永违君亲，魂归地下，实亦耻见诸贼！"李渊听后大惊，许诺"明日当勘问，汝宜早参"。
武德九年六月初四（626年7月2日）清晨，李世民率尉迟敬德、侯君集、张公谨等九将，在长安宫城玄武门附近设伏。李建成、李元吉不知有变，照常入朝，行至临湖殿察觉异常，欲拨马回宫，李世民大呼追赶。李元吉张弓欲射李世民，却因紧张再三拉不开弓。李世民先发制人，一箭射杀李建成；尉迟敬德率七十骑赶到，射杀李元吉，并割下二人首级示众。随后，李世民下令诛杀李建成、李元吉诸子，并将其从宗籍中除名，史称"玄武门之变"。
当时李渊正与裴寂、陈叔达、萧瑀等大臣泛舟海池，秦王府大将尉迟敬德身披铠甲、手持长矛、浑身是血闯入，李渊大惊失色，问道："今日是谁作乱？你到这里来要做什么？"尉迟敬德回答："秦王因太子、齐王作乱，举兵将其诛杀，唯恐惊动陛下，特派臣来宿卫。"
李渊环顾左右，对裴寂等说："没想到今日竟见到此事，现在应该怎么办？"萧瑀、陈叔达审时度势，劝道："建成、元吉本不预义谋，又无功于天下，疾秦王功高望重，共为奸谋。今秦王已讨而诛之，陛下若处以元良，委之国事，无复事矣。"李渊无奈，只好表示同意，下达"诸军并受秦王处分"的手令，事变遂告平息。
六月七日，李渊立李世民为皇太子，下诏称："自今以后军国事务，无论大小悉数委任太子处决，然后奏闻皇帝。"八月九日，李渊正式禅位于李世民，退位称太上皇。李世民登基，是为唐太宗，改元贞观，开启了中国历史上著名的"贞观之治"。
李渊成为太上皇后，仍居于太极宫正殿，李世民则在东宫处理政务，这种安排略显尴尬。直至贞观三年（629年）四月，李渊才迁出太极宫，移居大安宫（一作太安宫）。
在大安宫的岁月里，李渊深居简出，除了参加李世民举行的一些宴会外，几乎不曾离开。李世民多次到九成宫（今陕西麟游）避暑，邀请李渊同行，李渊总是推辞不愿出行。这种疏离，既
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